MIMIC-III数据库申请完后如何使用（将数据导入postgresSQL，通过pgadmin4查看、管理及导出数据）

一、下载mimic-iii数据

1.点击链接进入mimic-iii数据库下载界面，右上角登陆申请成功的账号。MIMIC-III Clinical Database v1.4

2.下滑至页面最下部分，下载mimic-iii数据(如图，点击Download the ZIP file)。

二、下载mimic数据库安装脚本

1.进入下方链接，在github网址上下载mimic数据库脚本。

GitHub – MIT-LCP/mimic-code: MIMIC Code Repository: Code shared by the research community for the MIMIC family of databases

2.下载脚本(如图，点击Download ZIP)

三、安装pgAdmin4

pgAdmin4是一款用来管理postgres数据库的客户端软件。

1.进入官网，下载需要的pgAdmin4版本。

Download (pgadmin.org)

2.安装pgAdmin4。

四、安装7-zip

1.点击链接7-Zip下载7-zip，记住安装目录。

2.安装完7-zip后。点击屏幕下方‘开始，搜索高级系统设置

3.点击环境变量，找到path并双击进入。

4.点击’新建，输入7-zip的安装路径，这样就设置完毕7-zip的环境变量。

五、安装postgreSQL

1、进入官网下载需要的版本。

Community DL Page (enterprisedb.com)

2.下载完后双击安装包进行安装。

安装目录和数据存放目录建议选择D盘，设置的密码一定要记住。其他保持默认。一直点击Next直到安装完成。（如图，注意取消勾选Stack Builder…..）

3.点击‘开始，搜索psql进入终端。

一直回车到口令这一步，输入刚才设置的密码（密码输入时不会显示，正常输入就可以）

接下来可以看到以下画面，从这里开始输入代码。

4.导入数据

以下代码（除了#行）需要在psql中逐行输入运行。

#创建mimiciii数据库DROP DATABASE IF EXISTS mimiciii;CREATE DATABASE mimiciii OWNER postgres;#进入mimiciii数据库\c mimiciiiCREATE SCHEMA mimiciii;#生成表，create.sql是生成表的目录，一定要输入正确的路径（根据自己下载路径修改）\i D:/mimic-code-main/mimic-iii/buildmimic/postgres/postgres_create_tables.sql#接下来会出现很多表不存在，这是正常显示，不用管，继续输入下面的代码。#输入mimiciii数据的存放路径（这里也要根据自己的下载路径修改）\set mimic_data_dir 'D:/MIMIC/mimic-iii-clinical-database-1.4'#运行7-zip脚本，使用7zip解压数据文件\i D:/mimic-code-main/mimic-iii/buildmimic/postgres/postgres_load_data_7zip.sql#接下来进入COPY过程，该过程持续时间4-7小时，当COPY完前三行后会，需要很长时间才会显示第四行COPY0，请耐心等待#最后安装索引\i D:/mimic-code-main/mimic-iii/buildmimic/postgres/postgres_add_indexes.sql

数据导入完毕。

六、通过pgAdmin4查看和管理数据库

1.进入pgAdmin4，点击servers

可以看到你的postgres账号，数据库里有刚才新建的mimiciii，你的mimiciii数据就存放在这里。

2.查看mimiciii数据表格及下载

如图，这样就可以看到数据库的数据了。

点击下载按钮可以导出数据表格。

该方法也适用于MIMIC-IV数据库：MIMIC-IV数据库申请完后如何使用（将数据导入postgresSQL，通过pgadmin4查看、管理及导出数据）代码-CSDN博客