V100配置 Scanpy + Scvi + Pytorch

  • 创建虚拟环境
  • 安装基础包
  • 安装 Scanpy
  • 安装 Scvi
  • 安装 GPU 版本 Pytorch

创建虚拟环境

conda create -n name python=3.8conda activate name

安装基础包

conda install numpy

安装 Scanpy

conda install scanpy

安装 Scvi

conda install scvi-tools==0.20.1

该命令自动安装的是cpu版本的Pytoch 2.0.0，因此需要手动安装gpu版本Pytorch

安装 GPU 版本 Pytorch

conda install pytorch==2.0.0 torchvision==0.15.0 torchaudio==2.0.0 pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia