报错一

--> No gene can be mapped....--> Expected input gene ID: --> return NULL...

报错原因：在线查询KEGG数据库更新了，需要用新版本的R，更新clusterProfiler包

R版本不对 R4.1

报错二

> ekk=enrichKEGG(gene=eg$ENTREZID, organism=organism,keyType=”kegg”,pAdjustMethod=”none”,pvalueCutoff=0.5, qvalueCutoff=1)
Reading KEGG annotation online: “https://rest.kegg.jp/link/oas/pathway”…
fail to download KEGG data…
Error in download.KEGG.Path(species) :
Failed to download KEGG data. Wrong ‘species’ or the network is unreachable. The ‘species’ should be one of organisms listed in ‘https://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html’
此外: Warning message:
In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, …) :
URL ‘https://rest.kegg.jp/link/oas/pathway’: status was ‘SSL peer certificate or SSH remote key was not OK’

注意：如果当时可以用，但是过一段时间不能用了；还是同样的报错，那就重新再装一次这个包，不然加载没问题，就一直找不到问题，必须重新装一次。

本地查询与在线查询唯一不同的就是设置 use_internal_data =T

kEGG使用R语言包clusterProfiler做KEGG富集分析时出现的错误及解决方法_HJ_Tan的博客-CSDN博客

这个KEGG数据库注释失败可不能怪Y叔啊clusterProfiler包这个KEGG数据库注释失败可不能怪Y叔啊

关于KEGG报错问题的解决_生信~鱼的博客-CSDN博客

KEGG API

https://mp.weixin.qq.com/s?src=11&timestamp=1680159943&ver=4437&signature=Cd5DPpvK5VKLBqS17TQfpn20tndDo2BYh7C2yHM2aAYeauHryabI3PtgNO-yWlkloruNOZppefPbnb4Mc3R5FwgtbQTCSqunw8gl*KivJppmHpbAuB99S2sjSG90*ThH&new=1